Setting The Default CRAN Mirror

パッケージをインストールしたりアップグレードするときに install.packages などとやると CRAN のミラーの選択画面が表示される。いつも同じミラーを選ぶのならデフォルトで設定して、選択の手間を省きたい。

CRANミラーの管理
R パッケージのミラー情報はオプションの ‘repos’ で管理されている
デフォルトでは CRAN ミラーが “@CRAN@” になっているおり、パッケージ管理時にデフォルトのままだとミラー選択に誘導されるため、これをお好みのミラーサイトに設定すればよい。

Option の getter/setter
R オプションの getter/setter は次のようになっている。

  • getter : getOption(‘key’)
  • setter : options(key=value)

今回の CRAN ミラーの場合、次のようになる

  • getter : getOption(‘repos’)
  • setter : options(repos=foo)

Windows 環境でのミラー設定
オプションは次のファイルで設定する
R_HOME/etc/Rprofile.site
R_HOME は環境変数で、実際のパスは “Sys.getenv(‘R_HOME’)” で確認可能。

上記ファイルには次のようなひな形があるので、”http://my.local.cra” の箇所をお好みのミラーに変更し、コメントアウトすればよい。

# set a CRAN mirror
# local({r <- getOption("repos")
#       r["CRAN"] <- "http://my.local.cran"
#       options(repos=r)})

R を起動後、 getOption(“repos”)[“CRAN”] で設定したミラーサーバがかえってこれば OK。

Linux 環境でのミラー設定
Linux でも Windows と同じようにシステムグローバルにパッケージすることも可能。
一方で、ユーザー別にパッケージ管理している場合、オプションは $HOME/.Rprofile で管理する。
記述内容は Windows の場合と同じ。

$ cat ~/.Rprofile
local({r <- getOption("repos")
     r["CRAN"] <- "http://cran.md.tsukuba.ac.jp"
     options(repos=r)})

MEMO
R 起動時の初期化時の処理や環境変数(.Renviron)、オプション設定(.Rprofile)にまつわる話を知りたければ > ?Startup でヘルプを呼び出せばよい。

Startup {base} R Documentation : Initialization at Start of an R Session

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